Después de escapar hacia África en su última aventura, Alex y sus fieles amigos del zoológico: Marty, Gloria y Melman, no tiene en vista otro objetivo que el de regresar a su amado Zoológico de Central Park en Nueva York, y harán cualquier cosa para conseguirlo. Seguidos por el Rey Julien, Maurice y los Pingüinos -en lo que será la aventura de su vida- el camino lleva a nuestros aventureros a escapar por toda Europa de una malvada agente de control de animales, la capitana DuBois, quién no se detendrá ante nada hasta conseguir añadir un nuevo trofeo a su colección privada de animales. En ésta excitante y nueva aventura, los “fugitivos” encuentran la coartada perfecta para pasar desapercibidos y lograr volver a casa: colarse en un auténtico circo ambulante.